Satuan pengawas intern Universitas Tanjungpura dalam pelaksanaannya mengacu kepada Standar mutu audit internal baik dari segi input, proses, maupun output. Standar mutu audit internal pada praktiknya diharapkan mampu memberikan motivasi bagi pelaksana kegiatan agar dapat memenuhi target/capaian mutu yang diharapkan dengan melakukan kegiatan evaluasi berkelanjutan setiap periodik.